Sau khi Eritrea độc lập trên thực tế vào năm 1991 và trên pháp lý vào năm 1993 sau khi một cuộc trưng cầu, Isaias đã trở thành nguyên thủ quốc gia. Trong những năm đầu cầm quyền, ông đã cải cách chế độ quản lý. Điều này bao gồm việc tái cấu trúc tổ chức chính quyền theo điều khoản là sẽ được Tòa án Công cộng Etrea lựa chọn để phát triển hệ thống giáo dục ở những vùng có thể.[3] Tháng 11 năm 1993, Tổng thống đã ra lệnh tống giam các thương binh đã phản đối về điều kiện sống khó khăn trong doanh trại quân đội. Tổ chức nhân quyền độc lập duy nhất đã bị đóng cửa. Năm 1997 Tổng thống đã đơn phương ra lệnh đóng cửa tất cả các cơ quan phát triển quốc tế hoạt động tại Eritrea. Cuộc bầu cử tổng thống dự kiến tổ chức vào năm 1997 đã không bao giờ trở thành hiện thực và Eritrea vẫn là một nhà nước độc đảng, Mặt trận Nhân dân vì Dân chủ và Công lý là đảng duy nhất được hoạt động.[4] Tháng 5 năm 2008 Afewerki công bố rằng cuộc bầu cử sẽ được hoãn lại sau "ba hoặc bốn thập kỷ" hoặc lâu hơn bởi vì chúng gây ra "phân cực xã hội".[5] Cũng trong năm 1998 một cuộc xung đột biên giới với nước láng giềng Ethiopia đã biến thành một cuộc chiến tranh toàn diện; Afwerki từ chối một số giải pháp hòa bình[6] Vào tháng 9 năm 2001 Afwerki ra lệnh bắt giữ mười một thành viên cao cấp nhất của chính quyền của ông, nhiều người trong số họ là bạn bè gần gũi nhất của ông và các những người đã chiến đấu bên cạnh ông ta trong gần bốn thập kỷ. Họ bị bắt vì "nghi ngờ phản quốc", bị trừng phạt bởi cái chết vì đã kêu gọi cải cách dân chủ.

Tất cả các dạng của phương tiện truyền thông hiện đều do chính phủ kiểm soát.[7] Eritrea là quốc gia châu Phi duy nhất không có phương tiện truyền thông tin tức thuộc sở hữu tư nhân. Trong năm 2009, Phóng viên Không Biên giới xếp hạng Eritrea ở dưới cùng của quốc gia có Chỉ số tự do báo chí, chỉ đứng trước Bắc Triều Tiên[8]